Η ιστορία της Σχολής Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού (Σ.Ε.Φ.Α.Α.) του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών ξεκινάει πολύ πριν την έναρξη της εκπαίδευσης των γυμναστών σε πανεπιστημιακό επίπεδο. Ειδικότερα, οι πρώτες αναφορές για τη διδασκαλία της γυμναστικής εμφανίζονται στο Βασιλικό Διάταγμα της 31ης Δεκεμβρίου 1836. Μάλιστα, ως πρώτος έλληνας γυμναστής με σπουδές στον χώρο θεωρείται ο Γεώργιος Παγών που ειδικεύθηκε στη γυμναστική στο Μόναχο, δίδαξε στο πρώτο γυμναστήριο του νεοελληνικού κράτους στο Ναύπλιο υπό την εποπτεία του Γερμανού γυμναστή Kork από το 1834 και μετά, και συνέγραψε το πρώτο γυμναστικό σύγγραμμα το 1837. Το γυμναστήριο αυτό αποτελούσε λειτουργική μονάδα του πρώτου διδασκαλείου για την επιμόρφωση των δασκάλων.

Ωστόσο, μέχρι το 1882, δεν υπήρχε πρόβλεψη για εξειδικευμένες σπουδές στη γυμναστική. Η ιστορία της εκπαίδευσης των γυμναστών στη νεότερη Ελλάδα εμφανίζεται αυτοδύναμα από το 1882 και μετά. Τότε λειτούργησε για πρώτη φορά ανεπίσημα Σχολή Γυμναστικής διάρκειας 40 ημερών υπό την εποπτεία του Ιωάννη Φωκιανού και με εκπαιδευτή τον οπλοδιδάσκαλο Νικόλαο Πύργο. Η ανεπίσημη αυτή σχολή θα επαναληφθεί το 1884 αυτή τη φορά με την εποπτεία και τη διδασκαλία του Φωκιανού. Το 1891, ο Φωκιανός και πάλι, ως πρόεδρος του Πανελλήνιου Γυμναστικού Συλλόγου, εισηγείται και ιδρύει με την εποπτεία του Συλλόγου, Σχολή Γυμναστών διάρκειας ενός έτους και γυμναστριών διάρκειας ενός εξαμήνου.

Το 1899 με τον ΒΧΚΑ Νόμο επίσημα ιδρύεται στην Αθήνα «Σχολή Γυμναστών» στην οποία διδάσκονται τόσο παιδιές όσο και θεωρητικά μαθήματα, ενώ μεταξύ άλλων αναφέρονται και διάφορα άσματα εφαρμοσμένα σε διάφορες ασκήσεις (ΦΕΚ Α 141, Νόμος ΒΧΚΑ, 1899, Κεφάλαιο Β, άρθρο 17). Το 1918, καταργείται η «Σχολή Γυμναστών» και ιδρύεται το «Διδασκαλείο Γυμναστικής» στο οποίο η φοίτηση διαρκούσε δύο χρόνια (Νόμος 1406, ΦΕΚ 101, τεύχος α, 30/4/1918).

Τομή στην πορεία της γυμναστικής επιστήμης στην Ελλάδα αποτέλεσε η δεκαετία του 1930. Συγκεκριμένα, το 1932, ιδρύεται η «Γυμναστική Ακαδημία» που ήταν Ανώτερο Εκπαιδευτικό Ίδρυμα και υπαγόταν στην άμεση εποπτεία του Υπουργείου Παιδείας (Νόμος 5620, ΦΕΚ 290, 31/8/1932). Η φοίτηση στη «Γυμναστική Ακαδημία» ήταν τριετής και συνεπαγόταν την αναβάθμιση του επίπεδου σπουδών και των μαθημάτων, θεωρητικών και πρακτικών. Το 1939 καταργείται η «Γυμναστική Ακαδημία» και στη θέση της ιδρύεται γυμναστική σχολή με την επωνυμία «Εθνική Ακαδημία Σωματικής Αγωγής» (Ε.Α.Σ.Α.) με έδρα τη Δάφνη Αττικής. Ο νόμος προέβλεπε ότι η Ακαδημία θα ήταν Ανώτατη Σχολή. Στην πράξη η Ε.Α.Σ.Α. δεν μπόρεσε να γίνει αυτοδιοικούμενο νομικό πρόσωπο δημοσίου δικαίου και για αυτό έμεινε Ανώτερη Σχολή εποπτευόμενη από τη Διεύθυνση Φυσικής Αγωγής της Μέσης Εκπαίδευσης του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων. Στην Ε.Α.Σ.Α. η φοίτηση για απόκτηση πτυχίου ορίσθηκε στα τρία έτη (Αναγκαστικός Νόμος 2057, ΦΕΚ 469, τεύχος Α, 1/11/1939). Το 1970, με τον Ν.Δ. 410/1970, ιδρύεται παράρτημα της Ε.Α.Σ.Α. στη Θεσσαλονίκη. Το 1975, με το Π.Δ. 222/1975, η Ε.Α.Σ.Α. άρχισε να λειτουργεί με 4ετή φοίτηση και δημιουργήθηκαν οι πρώτες ειδικότητες.

Με τον νόμο πλαίσιο 1268/1982 (άρθρο 47) ιδρύθηκαν στα Πανεπιστήμια Αθηνών και Θεσσαλονίκης τα Τμήματα Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού (Τ.Ε.Φ.Α.Α.). Ο νόμος εφαρμόστηκε στην πράξη με το ΠΔ 107/1983 όπου η Ε.Α.Σ.Α. Αθηνών και το παράρτημα της Θεσσαλονίκης εντάχθηκαν στα αντίστοιχα Πανεπιστήμια ως Τμήματα και από το ακαδημαϊκό έτος 1983-1984 άρχισαν τη λειτουργία τους. Το 1983 ιδρύεται το Τ.Ε.Φ.Α.Α. του Πανεπιστημίου Θράκης με έδρα την Κομοτηνή που άρχισε να λειτουργεί το 1984, το 1986 το Τ.Ε.Φ.Α.Α. Σερρών ως παράρτημα του Τ.ΕΦ.Α.Α. Θεσσαλονίκης, το οποίο έγινε ανεξάρτητο Τμήμα το 1996, και το 1994 το Τ.Ε.Φ.Α.Α. του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας στα Τρίκαλα.

Τέλος, το Τ.Ε.Φ.Α.Α. του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών έγινε Σχολή (Σ.Ε.Φ.Α.Α.) με το ΠΔ 85/2013, ΦΕΚ 124/3-6-2013 τ. Α ́.